Нагата сильнее, потому что у него весь арсенал уходит на защиту одного тела, а не 6. У него нет слабых мест Пейна, когда одно тело сильное, а другое дно из-за того, что у одного тела крутой путь, а у другого донный. Ну и во время откатов Нагата может использовать для своей защиты другие пути, пока условный Тендо после шинры был бы почти беззащитен.

Нагато сильней, так как, техники Нагато мощней и быстрей, чем у Пейнов. А так же они уровнем выше. Это факт манги со слов Наруто. Одного этого достаточно, что бы свашотить все тела обычной Шинрой, которая сносит лес.