Когда Ибики допрашивал пленного из дождя, они вытащили из его мозга картинку что вот этот пленный и бумажка тащили мертвое тело в башню.
Это была девченка с растрепанной прической, кстати когда они смотрели на тело у нее были кажись обычные глаза.
А потом это тело уже ввиде Пэйна и с риннеганом появилось в Конохе.

Кстати, а кто-нибудь обратил внимание что башня в которой постоянно тусуется Пэйн я вно была призвана а не построена.
здание в виде чела с риннеганом, высунутым языком и трубкой.
Вот из этого явно специального здания Нагато и управляет шестерками.

А насчет того откуда у них риннеган, может быть дело в чакре. Нагато явно вливает в них свою чакру.
О, я вспомнил во время битвыс Джириком тела лежали на специальных лежаках с какой-то аппаратурой. При этом одно из тел легло на лежак(стол, хрен его знает как его назвать правильно) а поднялось другое. Они на этих лежаках лежали отключенные. Ну ей-ей как роботы.