А я бы сказал, что было и то, и то. Он подчинялся Тоби, но не во вред своим идеям.

Он поглощает нинджютсу, а про генджютсу ни где не сказано.

С этим я не спорю )).

Как Нагато развеит Тцукуоми? Эта Генза около 3 секунд длиться, или он её что поглотит?

Может против Цукуеми ничего и не получится, но эта генза требует 5 метровой дистанции и зрительного контакта + после нее Итачи выдыхается.

Это в реальном времени. Хотя я сам точно не помню истинное время, но где-то это рядом с этим значением.

О, а Саске как развеял?
В реальном мире она длится секунду, я это не отрицаю.
Но кто тебе сказал, что Нагато даст подобраться к себе на ближнюю дистанцию? Он может неплохо драться и на дальней.
Он просто призовёт животных и будет курить в сторонке. У Итачи призывов нету, живность его быстро сольёт. Как вариант.
Или Нагато взлетит и втопчет ШТ Учиху в землю.
Вариантов много.
Даже если Нагато попадёт под эту технику, то его глаза помогут её развеять. Но даже если техника подействует, то это необязательно будет концом. Итачи не сможет сразу убить Нагато после окончания гензы, так как и сам потратит много сил. В это время Нагато делает БТ и убивает его.

Только дело в том, что Нагато даже близко не подпустит. ШТ мгновенно, и оно выкинет Итачи за пределы этой дистанции + для ШТ не обязательно смотреть в глаза )).
А от ЖШТ Итачи без защиты сразу откинет копыта ^^.